Nach dem Download der Software kann man in 100 Online-Boxen, in denen je 30 Pokémon Platz haben, insgesamt bis zu 3000 Pokémon lagern. Diese werden auf Online-Servern gespeichert und können rund um die Uhr verwaltet werden. Neben den normalen Boxen im PC des Spiels kann man also viele weitere Pokémon online lagern. Auch falls das Spiel verloren geht, können die gelagerten Pokémon in ein neues übertragen werden; die Pokémon sind also nicht an ein Spielmodul gebunden, wie es zum Beispiel bei My Pokémon Ranch der Fall war. Mit einer Suchfunktion kann sich der Spieler auch bei großen Mengen an Pokémon zurechtfinden. Im Jahr 2019 werden Kommandutan und Quartermak mit ihren versteckten Fähigkeiten ausgegeben. Diese waren bis dato nicht in den Spielen erhältlich. Die Verteilung findet vom 28. März bis zum 31. Oktober 2019 statt.

Pokémon Bank now works with Pokémon Ultra Sun and Pokémon Ultra Moon, making it easy to transfer Pokémon from among copies of Pokémon Ultra Sun, Pokémon Ultra Moon, Pokémon Sun, and Pokémon Moon—including the downloadable versions—to a single game. You can also transfer Pokémon you’ve caught in the Nintendo 3DS Virtual Console versions of Pokémon Gold, Pokémon Silver, Pokémon Red, Pokémon Blue, and Pokémon Yellow into your copy of Pokémon Ultra Sun, Pokémon Ultra Moon, Pokémon Sun, or Pokémon Moon. Pokémon from Pokémon Omega Ruby, Pokémon Alpha Sapphire, Pokémon X, and Pokémon Y can also be brought into Pokémon Ultra Sun, Pokémon Ultra Moon, Pokémon Sun, and Pokémon Moon in the same way. Am 29. Mai 2019 wurde bekannt gegeben, dass für zukünftige Spiele mit Pokémon HOME ein neuer Lagerungsservice mit ähnlichem Prinzip veröffentlicht wird. Pokémon von Pokémon Bank können auf den neuen Service übertragen werden, eine Übertragung in die andere Richtung wird jedoch nicht möglich sein. A name consisting of only spaces, which is only possible in Generation I, will remain unchanged. If a Pokémon has PK, MN, [, ], or × in its nickname or original Trainer, this will be converted to P, M, (, ), or x, respectively, upon being transported. Ein weiteres Software-Update für Pokémon Bank erschien am 18. November 2014, das die Software auf die Versionsnummer 1.2 hochstuft. Durch die Aktualisierung wird die Kompatibilität mit den beiden Hauptspielen, Pokémon Omega Rubin und Alpha Saphir, gewährleistet.

Eine ausführliche Analysierung des Software-Updates durch Kapothics ergab, dass die Icons der Pokémon, die Icons der Items, Bonus-Ei-Attacken, Attacken beim Levelaufstieg und diverse Item-Texte teilweise hinzugefügt und ersetzt worden sind. [1] In Generation I, the Original Trainer of Pokémon from in-game trades uses a control character (0x5D) that displays Trainer in the games` language (e.g. TRAINER in English). Transported Pokémon have this OT converted to regular capitalization and any abbreviations expanded. Note that Pokémon cannot be moved directly from Pokémon Gold, Pokémon Silver, Pokémon Red, Pokémon Blue, and Pokémon Yellow to Pokémon Omega Ruby, Pokémon Alpha Sapphire, Pokémon X, or Pokémon Y via Pokémon Bank. Pokémon over level 100 can be transferred, but their level will be reduced to level 100. On January 21, 2014, Pokémon Bank was re-released in Japan, South Korea, and other Asian territories. [8] The service was then launched in Europe, Australia, and New Zealand on February 4, 2014; [9] and in the Americas on February 5, 2014. Since the character encoding in Generation I and II do not draw a distinction between the hiragana へ (including べ and ぺ) and り and the katakana ヘ (including ベ and ペ) and リ, Poké Transporter converts the character to hiragana or katakana depending on the first character of the Pokémon`s name that is not a space or ー.